Muzeul Militar a fost creat ca instituție publică prin ordinul Ministrului Apărării în luna noiembrie 1994 și inaugurat la 3 septembrie 1999. De la începutul activității, instituția muzeală contribuie la colectarea, achiziționarea, restaurarea, conservarea materialelor de interes militar. Muzeul dispune de un fond de bază de peste 20 000 piese: arme, armuri, harnașament, vestimentație, numismatice, arheologice, etnografice, tehnică, filatelie, documente, etc.
Expoziția permanentă cuprinde toate etapele istorice:
- perioada antică și medievală
- perioada modernă și Primul Război Mondial
- elementul militar în Republica Democratică Moldovenească (1917-1918), Armata Română în Basarabia și basarabenii în Armata Română (perioada interbelică)
- Muzeul Militar păstrează obiecte personale, arme, fotografii, ordine și medalii, vestimentație militară, documente din perioada Războiului II Mondial
- o etapă aparte în circuitul muzeal îl constituie evenimentele mișcarii de eliberare națională din teritoriul dintre Prut și Nistru (sf. anilor ‘80 – înc. anilor ‘90 ai secolului XX), începând cu declararea suveranității și independența statală la 27 august 1991 Primul decret prezidențial care enunța la 3 septembrie 1991 organizarea Armatei Naționale
- cel mai tragic eveniment din istoria contemporană a Republicii Moldova, Războiul de la Nistru (1992) este expus într-o expoziție de excepție prin intercalarea elementului de decor cu elucidarea modernă a evenimentului istoric.
- în cadrul instituției se regăsește și o expoziție de tehnică militară și armament în aer liber
- sub jurisdicția instituției se află și Complexul Memorial ”Capul de Pod Șerpeni”, dedicat evenimentelor militare din Războiului II Mondial, situat în localitatea Șerpeni (raionul Anenii Noi)
- un loc aparte în muzeu este destinat expoziției ”Teroarea sovietică din Basarabia”, ce reprezintă atrocitățile sovietice din acest teritoriu
- alte expoziții permanente.
Concomitent, instituția muzeală organizează expoziții tematice temporare, atât pe interior cât și în diverse instituții din țară și din străinătate.