Secția Memorie Militară are misiunea de a asigura promovarea politicilor în domeniul memoriei militare și controlul de stat asupra regimului mormintelor și operelor comemorative de război, desfășoară cercetări științifice și de popularizare în domeniile de memorie militară.
În activitatea cotidiană Secția organizează sistemul național de evidență generală și de cercetare a mormintelor și operelor comemorative de război aflate pe teritoriul Republicii Moldova; gestionează Registrul Național al Mormintelor și Operelor Comemorative de Război; ține evidența asociațiilor obștești specializate în identificarea, cercetarea și excavarea mormintelor de război și a fostelor câmpuri de luptă, precum și coordonează activitatea acestora.
Colaborează cu reprezentanțele diplomatice străine pentru organizarea ceremonialelor de comemorare a militarilor originari din aceste state înhumați pe teritoriul Republicii Moldova; elaborează, în colaborare cu părțile interesate, proiecte privind organizarea și desfășurarea manifestărilor/acțiunilor de eternizare a memoriei celor căzuți la datorie și le propune spre aprobare în modul stabilit de legislație.
Angajații Secției participă activ la elaborarea de proiecte, acte normative din domeniul său de activitate, ce urmează a fi prezentate spre aprobare instituțiilor ierarhic superioare, după caz, elaborează studii, recomandări, evaluări și strategii ce țin de domeniul de competență.