Un loc aparte în Muzeul Militar este destinat expoziției ”Teroarea sovietică din Basarabia”, care reprezintă atrocitățile sovietice din acest teritoriu începând cu semnarea Pactului Molotov-Ribbentrop, semnat la 23 august 1939, și până la destrămarea URSS. Expoziția include o serie de documente cu referire la RASSM, etc.
Alte expoziții:
Expoziție de istorie antică și medievală
Basarabia în sistemul militar rus
Militarii în mișcarea națională din Basarabia (1917-1918)
Basarabia în perioada Războiului II Mondial
Războiul din Afganistan
Mișcărea de eliberare națională (1989-1992)
Martirii Neamului
Armata Națională a Republicii Moldova
Tragedia de la Cernobâl
Teroarea sovietică din Basarabia
Expoziția în aer liber de tehnică militară și armament